In età medievale l’antico Tempio di Minerva fu trasformato in chiesa cristiana (San Donato). Nel 1212 l’abate di San Benedetto Maccabeo cedette in enfiteusi ai consoli del Comune il casalino di San Donato, cioè la cella del Tempio, mantenendo l’uso delle camere tra le colonne. La cella diventò la residenza del Podestà, salvo la parte inferiore adibita a carcere comunale. L’affresco giottesco nel ciclo pittorico della basilica superiore di San Francesco richiama la sua destinazione a carcere con le inferiate alle finestre. Nel 1228 il Comune acquistò alcune case antistanti il tempio per ampliare la piazza. Nella stessa occasione fu liberato il vestibolo tra le colonne, che diventò la sede dell’arengo. Soltanto nel 1456 l’edificio tornò alla primitiva destinazione religiosa e dedicato alla Madonna (1539) prendendo il nome di Santa Maria Sopra Minerva.